Die FAT wird von den Betriebssystemen Microsoft® MS-DOS, Windows® 9x und Windows® ME zur Verwaltung des Dateisystems verwendet. Die FAT stellt das Inhaltsverzeichnis eines Datenträgers dar. Sie speichert Informationen über jeden Cluster (d.h. eine Gruppe von Disketten-Sektoren) eines Datenträgers. Cluster sind die kleinsten nicht mehr teilbaren logischen Einheiten des Datenträgers. Die FAT wird gebraucht, da die Cluster einer Datei nicht unbedingt aufeinanderfolgend gespeichert sind. Wird eine Datei auf einer Diskette angelegt, schafft das Betriebssystem einen FAT-Eintrag für die Datei: der Platz des Startclusters der Datei wird notiert und auch die gesamte Größe der Datei. Wird die Datei später geöffnet, dann setzt das Betriebssystem die Cluster, die zur Datei gehören zusammen und lädt sie in einen Speicher, wo die Datei dann geöffnet werden kann.

Andere Dateiverwaltungssysteme sind NTFS, welches von Windows® NT, Windows® 2000 und Windows® XP genutzt wird, und HPPS [High Performance File System] von OS / 2.