Ein Boot-Sektor-Virus ersetzt den Code des Boot-Sektors auf der Diskette (und manchmal auch auf der Festplatte) mit seinem eigenen Code und infiziert dadurch den Rechner. Bei jedem Bootversuch mit einer infizierten Diskette wird sich das Virus vor dem Betriebssystem laden.

Diese Viren sind nicht sehr bekannt. Aber in der ersten Hälfte der neunziger Jahre, als Daten vor allem mit Disketten verarbeitet wurden, waren sie die Hauptbedrohung für den PC-Nutzer. Meistens infizierte der Boot-Sektor-Virus die Festplatte, wenn ein Nutzer die infizierte Diskette in Laufwerk A vergaß. Beim nächsten Booten des PCs versuchte das System dann von der Diskette aus zu booten und das Viruscode wurde ausgeführt, egal ob diese Diskette nun eine Systemdiskette oder nur eine Datendiskette war. Die meisten Boot-Sektor-Viren infizierten dann den MBR [Master Boot Record] und nicht den Boot-Sektor.