Der Boot-Sektor auf der Festplatte oder der Diskette enthält die Befehle, die während des Startens des PCs (des Bootens) ausgeführt werden. So gibt der Boot-Sektor unter anderem an, wo sich die Betriebssystemdateien befinden. Auf der Festplatte ist der Boot-Sektor der erste Sektor der Startpartition, also der Partition, die die Systemdateien enthält. Auf der Diskette ist der Boot-Sektor der erste Sektor der Diskette. Alle Disketten haben einen Boot-Sektor, selbst wenn sie nur Datendisketten sind.